荧光显微镜是一种快速扩展且非常宝贵的研究工具。它的优点是基于在其他光学显微镜技术中不易获得的属性。荧光染料的使用使得在非荧光材料中识别具有高度特异性的细胞和亚微观细胞成分和其他实体成为可能。正确使用方法：
1.右手握住荧光显微镜镜臂，左手托住镜座。
2.把荧光显微镜放在实验台上，略偏左(显微镜放在距实验台边缘7厘米左右处)。安装好目镜和物镜。
3.转动转换器，使低倍物镜对准通光孔(物镜的前端与载物台要保持2厘米的距离)。
4.把一个较大的光圈对准通光孔。左眼注视目镜内(右眼睁开，同时画图)。转动反光镜，使光线通过通光孔反射到镜筒内。通过目镜，可以看到白亮的视野。
5.把所要观察的玻片标本(也可以用印有“6”字的薄纸片制成)放在载物台上，用压片夹压住，标本要正对通光孔的中心。
6.转动粗准焦螺旋，使镜筒缓缓下降，直到物镜接近玻片标本为止(眼睛看着物镜，以免物镜碰到玻片标本)。
7.左眼向目镜内看，同时反方向转动粗准焦螺旋，使镜筒缓缓上升，直到看清物像为止。再略微转动细准焦螺旋，使看到的物像更加清晰。
